Pengurus IAKMI terdiri dari Pengurus Pusat di tingkat pusat, Pengurus Daerah (Pengda) di tingkat provinsi dan Pengurus Cabang (Pengcab) di tingkat kabupaten/kota, Pengurus Komisariat (Pengkom) di institusi pendidikan kesehatan dan atau institusi pelayanan kesehatan. Saat ini, IAKMI memiliki Pengda yang tersebar di 34 Provinsi di Indonesia, dengan Pengurus Pusat sebagai berikut: